Когда началась Великая Отечественная война, Владимир Ильич Иоффе, проводив свою семью в эвакуацию, остался в блокадном Ленинграде.
В октябре 1941 года его призвали на флот. Сначала он служил военврачом 1 ранга в качестве консультанта-эпидемиолога, а через год занял должность флагманского эпидемиолога в Медико-санитарном отделе Краснознаменного Балтийского флота.
За годы войны на флоте удалось избежать крупных эпидемий среди моряков. Небольшие очаги инфекций оперативно локализовывались. Командование неоднократно отмечало заслуги Владимира Ильича в обеспечении санитарной безопасности Балтийского флота. В 1942 году его представили к ордену Ленина.
С самого начала своей научной деятельности Владимир Ильич сосредоточился на изучении того, как развиваются патологические процессы при различных инфекционных заболеваниях. Его ранние исследования были посвящены кишечным инфекциям, включая анализ рецепторов и серологические особенности сальмонелл. Позднее одним из ключевых направлений его работы стали комплексные исследования детских инфекций, передающихся воздушно-капельным путем, с использованием микробиологических, иммунологических и эпидемиологических методов.
Особое внимание он уделял изучению коклюша. Владимир Ильич внес значительный вклад в борьбу с этой болезнью в стране, исследуя микробиологию и антигенную структуру возбудителя коклюша (Bordetella pertussis), разрабатывая методы лабораторной диагностики и вакцинопрофилактики.
Первым в СССР В.И. Иоффе предложил методы активной иммунизации против кори, получив в своем отделе безопасный штамм вируса кори.
Изучая иммунологические аспекты β-гемолитического стрептококка группы А при стрептококковых инфекциях и скарлатине, Владимир Ильич пришел к выводу о необходимости исследования иммунологии ревматизма, поскольку именно этот возбудитель запускает патологический процесс при данном заболевании.
За свою монографию «Иммунология ревматизма» (1962) он был удостоен премии имени Н.Д. Стражеско.
Научное наследие академика Владимира Ильича Иоффе включает более 150 публикаций, среди которых более 10 монографий.
